Previsione della struttura proteica - Progressi nei metodi computazionali e la loro applicazione alla modellazione molecolare
Fouad Sabry
Tradutor Cosimo Pinto
Sinopse
Previsione della struttura proteica-questo capitolo introduce i concetti fondamentali e il significato della previsione della struttura proteica, preparando il terreno per le discussioni che seguiranno. Alfa elica-si concentra sull'alfa elica, uno dei motivi strutturali più comuni nelle proteine, e sul suo ruolo nella stabilità e nella funzione complessive delle proteine. Foglietto beta-esplora la struttura del foglietto beta, la sua formazione e il modo in cui contribuisce alla struttura terziaria e alla funzione biologica della proteina. Struttura secondaria delle proteine-approfondisce i vari elementi strutturali secondari nelle proteine, spiegando la loro influenza sul ripiegamento e sulla stabilità delle proteine. Struttura terziaria delle proteine-discute la disposizione tridimensionale degli elementi della struttura secondaria e le forze che stabilizzano questa struttura finale. Topologia della membrana-questo capitolo riguarda la previsione delle strutture proteiche di membrana e le loro complesse interazioni con i doppi strati lipidici. Allineamento strutturale-introduce le tecniche utilizzate per allineare le strutture proteiche, essenziali per confrontare e mettere a contrasto le proteine omologhe. Bioinformatica strutturale-uno sguardo agli strumenti e ai metodi computazionali utilizzati nella previsione e nell'analisi della struttura proteica. Struttura proteica-fornisce una panoramica dei diversi livelli di struttura proteica e del loro rapporto con la funzione. Progettazione proteica-discute i principi e i metodi alla base della progettazione di proteine con funzioni specifiche, utilizzando tecniche computazionali. Proteina reticolare-esplora il concetto di modelli reticolari nel ripiegamento proteico, aiutando a comprendere come si formano le strutture proteiche. Threading (sequenza proteica)-introduce le tecniche di threading utilizzate per prevedere le strutture proteiche in base alle similarità di sequenza con strutture note. Mappa di contatto proteica-si concentra sull'uso delle mappe di contatto per prevedere il ripiegamento e le interazioni proteiche. Turn (biochimica)-discute il ruolo dei turni nelle strutture proteiche, la loro formazione e l'importanza nel mantenimento della stabilità proteica. Modellazione di omologia-questo capitolo esplora il processo di creazione di modelli tridimensionali di proteine basati sull'omologia di sequenza. Modellazione di loop-si concentra sulle tecniche per la modellazione delle regioni di loop nelle proteine, che sono cruciali per la funzione e la stabilità. Previsione della struttura proteica de novo-fornisce uno sguardo approfondito agli approcci utilizzati per prevedere le strutture proteiche senza basarsi su modelli omologhi. Dominio proteico-discute la natura modulare delle proteine e l'importanza dei domini proteici nella loro struttura e funzione. Phyre-uno studio di caso del server Phyre, uno strumento ampiamente utilizzato per la previsione della struttura proteica, che spiega le sue applicazioni e metodi. Superfamiglia proteica-introduce il concetto di superfamiglie proteiche e il loro significato nella biologia evolutiva e nella previsione funzionale. ITASSER-una spiegazione dettagliata dello strumento ITASSER, un potente metodo per la previsione della struttura proteica che integra più tecniche.
Disponível desde: 14/03/2025.
Comprimento de impressão: 287 páginas.
